该条例的第十六条规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。当事人对裁决不服的，可以自裁决书送达之日起3个月内向人民法院起诉。拆迁人依照本条例规定已对被拆迁人给予货币补偿或者提供拆迁安置用房、周转用房的，诉讼期间不停止拆迁的执行。”不难看出，依照这一规定，行政仲裁成为当事人无法绕开的一个法定程序。这一条的规定就使被拆迁人如果对拆迁补偿不满，即使选择了行政诉讼也无法改变被强制拆迁的命运。而城市规划和拆迁或授权开发商拆迁本身就是政府行为，政府的裁决很难对被拆迁人有利。这就造成一些被拆迁人宁愿选择非理性的行为，也不愿选择法律途径解决问题。这种表面公平但实质上隐含着巨大不公平的条款，有可能就是导致纠纷久拖不决并引发社会矛盾激化的重要原因。
1996年7月24日，中国最高人民法院《关于受理房屋拆迁，补偿，安置等案件问题的批复》中规定，未经行政机关裁决，仅就房屋拆迁，安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。该批复事实上已经对“条例”进行了修正性诠释。但这种连法律从业者们都未晓的司法解释性文件，根本无法奢望普通人群能够明白和理解。
